Після розпаду рабовласницького суспільства настала епоха середньовіччя (V-XV століття), тобто період феодалізму. Він характеризувався великою руїною, занепадом культури, науки і пануванням релігії. З V по X століття формувалися і упрочивались феодальні відносини, а з XI до XV століття був розквіт феодалізму.
Особливістю середньовічних поглядів на природу і людину служить прояв божества. Тому світ, створений богом, для середньовічної людини представлявся реальним, а земний - тимчасовим і непізнаваним. Це середньовічне свідомість іноді вступало в протиріччя з людським досвідом і практикою, про що в свій час говорили гиппократики і античні вчені. Наприклад, в XIII столітті Роджер Бекон виступив проти схоластики і віри в авторитет церкви. Він багато зробив в різних областях знань і навіть випередив час своїми ідеями.
Ідеї Р. Бекона не могли справити істотного впливу на сучасників, так як його праці були опубліковані тільки в 1733 р. Тим не менш, вони свідчать про те, що, незважаючи на бузувірства церковників, вже в XIII столітті виникали проблиски ідей на матеріалістичній основі, які ще не змогли сформуватися і виділитися з цілісного релігійно-філософського спотвореного сприйняття світу того часу. Бекон довгі роки перебував у в'язниці, його життя була трагедією і одночасно науковим подвигом.
Поборником експериментального методу науки був англійський філософ, засновник матеріалізму нового часу Френсіс Бекон (1561-1626).
«Справжній родоначальник англійського матеріалізму і всієї сучасної экспериментирующей науки - це Бекон»,- писали Маркс і Энгельс1. Ф. бекон підкреслював, що «Метою нашого суспільства є пізнання причин і прихованих сил усіх речей і розширення влади людини над природою, доки все не стане для нього можливим». Бекон повставав проти схоластики і марновірства. В основу пізнання природи повинні лягти експеримент, досвід, індукція і аналіз. Такі думки в період середньовіччя були досить прогресивними і викликали обурення церкви.
У X - XI століттях відомості з медицини і біології відбивалися у творах типу «Фізіолога», «Бестіарію», що містять навіть не відомості античної медицини, а опису і вигадки біблійних сказань. У X-XI століттях ці книги були перекладені на слов'янську мову в Болгарії, а потім поширилися і на Русі. Не було нових даних в порівнянні з подібними творами і в рукописному творі слов'янською мовою під назвою «Шестиднев», излагавшем біблійну легенду про 6 днів створення світу. Деякі відомості з медицини містилися в «Повчанні Володимира Мономаха» (ХІ століття). Візантійська культура і православна церква сприяли поширенню на Русі античної науки. Монастирі як центри релігії стали місцем формування емпіричної науки, в тому числі й медицини. Медичні знання того часу були викладені в рукописі Кирила «Арістотелеві проблеми», «Галиново на Ииппократа».
У той час як в Європі дозрівала феодальне суспільство, яке гальмувало розвиток науки, на мусульманському Сході наука розвивалася більш вільно. В VII-VIII століттях араби вторглися в Європу, і праці вчених Стародавньої Греції та Риму були переведені на перську мову, що зробило великий вплив на розвиток науки і культури народів Сходу. Одним з великих представників вчених Сходу є Абу-алі Ібн-Сіна (Авіценна) (980-1037). Ним написано понад 100 творів з літератури, астрономії, медицини. Серед них заслуговують уваги «Канон медицини», «Книга зцілень». Вчені Сходу не збагатили анатомію, так як вважали, що «... прихильник ісламу після смерті повинен постати на суд, який чинять над ним двома призначеними для цього ангелами, і при цьому ніщо в його тілі не повинно бути відсутнім» (В. Гиртль).
У період середньовіччя вивчення анатомії практично припинилося, що позначилося на кваліфікації лікарів. Невігластво їх настільки зросла, що в 1224 р. король Фрідріх II та громадськість міста Салерно звернулися до церкви з проханням дозволити лікарям вивчати анатомію. Після цього було дозволено розкривати один труп кожні 5 років.
Одним з перших зробив деякі відступи від анатомію Галена професор Болонського університету Мондинус (1275-1327), популярний лектор і вчений свого часу. Йому вдавалося таємно розкривати трупи людей і тварин. Праця Мондинуса «Анатомія» протягом двох століть перевидавався 25 разів. Він зробив спробу внести деякі уточнення по анатомії, але в цілому його праця була лише доповненням до анатомію Галена. Наприклад, Мондинус писав: «Випаровування повинні вільно виділятися з мозку через шви черепиых кісток, основна кістка повинна бути твердою, щоб не загнивати від надлишку вологи, її змочувальній, носові кістки повинні бути порозны, щоб запах сягав до мозку...» .