У третинному періоді сифілісу помилки також спостерігаються часто. Перш за все саме в цьому періоді найбільш часто зустрічається невідомий сифіліс. Хворий ще частіше, ніж у первинному і вторинному періоді, звертається до лікарів-невенерологам. Третинне поразку в більшості випадків помилково приймається за туберкульоз або пухлина. Висипання на шкірі і слизових часто розпізнаються як туберкульозний вовчак. За даними Бременера (Москва) і Нагібіна (Іркутськ), у 20-25% хворих, направлених у люпозории з діагнозом вовчака, був виявлений сифіліс. На частоту цієї помилки вказує і Підвисоцька. Найчастіше в цих випадках на шкірі є горбкові висипання третинного сифілісу. Скрофулодермы порівняно рідко розпізнаються як гуми шкіри і слизових. Вік хворих (діти), локалізація, виключно хронічний перебіг при скрофулодерме дозволяють поставити правильний діагноз. Проте зустрічаються випадки гуммозных аденитов, де діагноз сифілісу важкий і діагностичні помилки цілком можливі. Труднощі для діагнозу виникають і при рідко зустрічаються гібридних формах. В окремих випадках наявність туберкульозу доводиться щепленнями шматочка тканини морським свинкам. Шкірний лейшманіоз, глибокі мікози (споротрихоз, бластомікоз) рідше дають привід до діагностичних помилок. Глибокі мікози в СРСР зустрічаються рідко.
Шкірний лейшманіоз має типову клінічну картину і виникає у осіб, що проживають в ендемічних для цього захворювання районах, чому подібні помилки також спостерігаються рідко.
Хірурги в амбулаторній практиці, внаслідок помилкової флуктуації, іноді приймають гуми за абсцеси і розкривають їх. Помилка для досвідченого хірурга негайно стає ясною, так як гній після розтину не виділяється і пухлина не спадає.
Помилки відбуваються і при кістковому сифілісі: обмежені періостіти іноді приймають за саркому, специфічні остеомієліти через банальні. Сифіліс суглобів часто трактується як туберкульоз.
Важкі для розпізнавання третинні ураження очей. Диференціація деяких сифілітичних уражень очей від туберкульозних ґрунтується на серологічних реакціях і супутніх ураженнях. Якщо серологічні реакції негативні і сифілітичний процес має ізольований характер, то розпізнавання стає важким. Ця помилка може дуже важко відбитися на хворому, так як довго існуючий процес (наприклад, третинний увеїт) закінчується рубцюванням і сліпотою.
