Сенсибілізуючі властивості різних речовин залежать від їх хімічної будови. Речовини подібного хімічної будови можуть мати неоднаковими антигенними властивостями в залежності від розташування окремих хімічних угруповань.
Наприклад, серед білків тваринного походження сироваткові альбуміни, глобуліни, овальбумин, ферменти володіють вираженими антигенними властивостями, а желатин, казеїн, фібриноген - дуже слабкими. Білкові екстракти гельмінтів - солітера, аскарид, филярий, плоских черв'яків - мають надзвичайно сильними антигенними властивостями, так само як і ряд бактеріальних білків і токсинів. Білки рослинного походження (глютены, рицина) теж є сильними антигенами для більшості ссавців.
Антигенні властивості речовини пов'язані з хімічною структурою його молекули. У комплексній молекулі білка молено знайти багато «ділянок», схожих і різних в антигенному відношенні. Іншими словами, в одній білковій молекулі антигенними властивостями може мати дуже маленька структура, молекулярна вага якої не перевищує 3000. Добре відомо, що при введенні людського гамма-глобуліну в організмі кролика можна виявити не менше 9 різних антитіл. Отже, у молекулі цього білка міститься не менше 9 різних антигенів.
Деякі речовини, особливо клітинні, є антигенами тільки для свого «господаря» - це аутоантигени. Інші речовини є антигенами для представників одного і того ж виду - це ізоантигенами, наприклад, антигени групи крові AB0. Треті є специфічними для цілого виду тварин (видо-специфічні), це - гомоаллергены. Кожен з цих алергенів володіє специфічністю та в експерименті викликає адекватні алергічні реакції.
Експерименти показують, що ця специфічність антигенів неабсолютна, так як речовини, схожої структури можуть спричинити перехресні алергічні реакції.
В даний час відомо, що великий білковій молекулі надає антигенні властивості якась дуже невелика її частина. Подальше розщеплення та вивчення цієї активної частини показало, що антигенної активністю мають деякі амінокислоти, а також полярні радикали. Антигенність білкової молекули залежить від ароматичних амінокислот, які визначають стійкість, твердість молекули. Однаково важливо наявність різних полярних груп, які розташовуються на поверхні поліпептидного ланцюга.
Вільні NH2-угруповання білків мають другорядне значення. Можна блокувати ці угруповання впливом формальдегіду без помітного зниження антигенних властивостей сполуки. Це положення має важливе застосування - воно є основою в приготуванні анатоксину Рамона (Ramon), протиотрут, сучасних противірусних вакцин [проти поліомієліту - вакцина Солка, Лепина (Salk, Lepin), противокоревой вакцини, вакцини проти афтозний лихоманки].
На відміну від вільних NH2-угруповань кислотні радикали СООН багато в чому визначають антигенні властивості білкових молекул. І, нарешті, етерифікація карбоксильної угруповань білка призводить до глибоких змін специфічних антигенних властивостей.
