Кишечник плоду, що знаходиться в утробі матері, стерильний. Інфікування його починається вже при проходженні родових шляхів матері і продовжується після народження в результаті контакту з навколишнім світом, але все-таки можна вважати, що протягом перших 10-20 годин позаутробного життя кишковий тракт дитини майже вільний від бактерій. Це так звана асептична фаза.
Подальше інфікування дитини йде per os, через носоглотку, верхні дихальні шляхи і per anum; інтенсивність і характер його значною мірою залежать від ступеня і особливостей бактерийного забруднення навколишнього середовища. У порожнині рота дуже скоро виявляються стафілококи, стрептококи, пневмококи, Bact. acidophilus, Bact. coli, Вас. bifidus, Вас. perfringens та деякі інші. Спочатку В стерильному меконію в подальшому виявляються молочнокислий стрептокок і кишкова паличка; кількість їх швидко наростає, до них приєднуються інші перераховані вище бактерії. Ця фаза наростаючої інфекції досягає максимального вираження приблизно на 3-й день життя і потім поступово переходить у фазу трансформації кишкової флори, що зазвичай збігається з моментом остаточного встановлення грудного годування і з появою нормального стільця.
В нормальному стільці у дитини, яка отримує лише грудне молоко, переважає анаеробна паличка - Вас. bifidtis. Bact. coli, Bact. lactis aerogenes, Bact. acidophilus та ін. знаходяться в дуже невеликій кількості. Трансформація кишкової флори виразно виявляється вже до 5-6-го дня життя дитини. Така кишкова флора залишається у грудної дитини до моменту введення догодовування або прикорму.
У новонароджених, які отримують з перших днів життя штучне або змішане вигодовування, бактерийная флора кишечника виявляється дещо іншою: фаза бактерийного інфікування відбувається швидше, але наступної трансформації не настає, і надалі серед бактерій переважають Bact. coli, Bact. acidophilus, Bact. bifidus і ентерококи, що знаходяться майже в рівних кількостях.
По ходу травного тракту бактерії розподіляються нерівномірно. Шлунок дитини містить дуже бідну бактерийную флору; тут зазвичай зустрічаються ентерококи, сарцини, стафілококи, дріжджові грибки і деякі інші сапрофіти; кишкова паличка або відсутня, або виявляється в дуже мізерній кількості. Ще менше бактерій в дванадцятипалої кишці; тут зустрічаються поодинокі ентерококи, Bact. lactis aerogenes, Вас. bifidus, Bact. acidophilus та деякі інші. В нижчележачих відділах кишечника число бактерії поступово наростає, досягаючи максимуму в ободовій та прямій кишках; в нижніх відділах кишечнику переважають строгі анаероби.
У хворих дітей при ентеральних, так і при парэнтеральных процесах бактерийная флора значно видозмінюється, і, крім того, відбувається сходження бактерій, особливо кишкової палички, в вищерозміщені відділи кишкового тракту.
Дитина, яка перебуває на штучному вигодовуванні, по картині кишкової флори як би знаходиться в стані постійної субинфекции. При змішаному вигодовуванні кишкова флора дитини значною мірою наближається до такої у дітей, що знаходяться на штучному харчуванні. У дітей, вскармливаемых зцідженим жіночим молоком, бактерийная флора кишечника більшою або меншою мірою відрізняється від флори кишечника дитини, що одержує безпосередньо груди матері, що, треба думати, залежить від ступеня забрудненості сцеживаемого молока.
Бактерії, посилюючи гідроліз білків, піддаючи вуглеводи бродінню, омив жири і розчиняючи клітковину, можуть сприяти процесам ферментативного перетравлення їжі. У цьому їх позитивна роль. Небезпека надмірного бактерийного розкладання їжі виникає при захворюваннях, коли зростання бактерій посилюється; бактерії піднімаються в верхні, зазвичай, майже стерильні відділи кишкового тракту, де і відбувається накопичення отруйних продуктів їх життєдіяльності. Посилення росту бактерій зазвичай поєднується з пригніченням і збоченням секреції травних, соків; активність ферментів при цьому слабшає, змінюється концентрація водневих іонів і т. д.
Бактерії можуть розщеплювати вуглеводи до стадії вуглекислоти, жири - до нижчих жирних кислот і газів, білки - до аміаку і сірководню з утворенням отруйних протеіногенних амінів і інших продуктів. Всі ці початку не можуть вважатися байдужими для дітей, особливо раннього віку.
Бактерії кишечника, безсумнівно, беруть велику участь у синтезі і в руйнуванні вітамінів. В цьому відношенні нормальна бактерийная флора відіграє позитивну роль, сприяючи утворенню вітамінів, особливо групи В та вітаміну К. Однак бактерії можуть надавати і протилежний вплив, руйнуючи або посилено використовуючи вітаміни, що вводяться з їжею, що сприяє розвитку у дітей станів гіповітамінозів.